La bossa-nova se toca normalmente con guitarra clásica, cuerdas de nylon y con los dedos (sin púa). En su forma más pura basta con la guitarra sin acompañamiento y la melodía cantada, como puede escucharse en numerosas interpretaciones de João Gilberto. Un instrumento que marcó a este género y le dio la particularidad de su sonido, fue el cavaquinho (instrumento portugués, en forma de guitarra pero mucho más pequeño). Aunque no es tan importante como la guitarra, el piano es un instrumento importante de la bossa nova y también ha servido como un puente estilístico entre la bossa nova y el jazz. Además del piano, el órgano electrónico ocupa un lugar destacado en muchos temas clásicos de la bossa nova. Los instrumentos a percusión como los tambores, generalmente no se consideran instrumentos esenciales.